Biodiesel müsste eigentlich 'Rapsölmethylester' (s.o.) heißen. Seine Umweltfreundlichkeit ist in letzter Zeit umstritten. Dieser Kraftstoff wird im Prinzip aus nachwachsenden Rohstoffen gewonnen, die bei ihrem Wachstum genauso viel Kohlendioxid verbrauchen, wie bei der Verbrennung erzeugt wird. Es gibt aber Bedenken wegen dem relativ schlechten Wirkungsgrad. Bei der derzeit großen Nachfrage durch erhöhte Rohölpreise lohnen sich lange Exportwege, deren Energieverbrauch mit berücksichtigt werden muss. Die Verdienstmöglichkeiten z.B. für Palmöl, einem möglichen Grundstoff zur Gewinnung von Biodiesel, sind dann manchmal für Entwicklungsländer so verlockend, dass Wälder gerodet werden und damit Menschen und Tieren Lebensraum entzogen wird. Das ist genau das Gegenteil von dem, was eigentlich durch den Gebrauch von Biodiesel erreicht werden soll.

Die Erzeugung von Biodiesel mit ca. 1% in Deutschland (2004) ist nicht die Lösung unserer Umweltprobleme. Es stehen nicht genügend Anbauflächen zur Erzeugung eines nennenswerten Anteils am Kraftstoffbedarf zur Verfügung. Wenn Biodiesel nach EU-Plänen einmal zu 10% im Dieselkraftstoff sein soll, wird das bei den derzeitigen Verfahren und Flächen nur mit Import möglich sein. Zusätzlich wird zur Herstellung von Biodiesel - genau wie bei anderen Kraftstoffen - immerhin noch 20% fossile Energie gebraucht. Die Subventionen für die Bauern sind sehr hoch. Die Einnahmeverluste für den Staat werden 2006 durch eine von der EU erzwungene Mineralölsteuer von 15 Cent pro Liter etwas gemildert. Mit dem derzeitigen Ölpreis kann Biodiesel noch nicht konkurrieren. Außerdem entsteht durch die Stickstoffdüngung in der Landwirtschaft u.U. Lachgas, das noch viel umweltschädlicher ist als Kohlendioxid. Der Energieeinsatz zur Herstellung von Biodiesel muss noch verringert werden.

Die Umbauarbeiten z.B. zum Schutz der Leitungsmaterialien halten sich in Grenzen, bzw. werden vom Hersteller gegen geringen Aufpreis erledigt. Es gibt etwas Minderleistung und keine Schwefelverbindungen. Überhaupt sind die Emissionen (Partikel, CH und HC) in der Regel geringer. Außerdem ist Sauerstoff enthalten, für die möglichst saubere Verbrennung im Motor ein Vorteil.

Biodiesel ist ähnlich wie Bremsflüssigkeit hygroskopisch und wirkt auf lackierte Flächen wie ein Lösungsmittel. Der Betrieb mit Biodiesel muss vom Hersteller ausdrücklich freigegeben sein, sonst gibt es keine Garantie bei Schäden z.B. an der Einspritzanlage, und das kann teuer werden. Der Betrieb mit reinem Biodiesel ist - nicht nur im Winter - bei Fahrzeugen der neueren Diesel-Generation nicht immer unproblematisch, auch wenn diese die Herstellerfreigabe besitzen. Deshalb hat z.B. VW seine Freigabe und Umrüstmöglichkeit zurückgezogen und verbietet neuerdings sogar den Gebrauch dieses Kraftstoffs. Vorsicht ist ohnehin bei Betrieb von Sommer-Biodiesel im Winter geboten. Bei tiefen Temperaturen empfiehlt es sich, normalen Dieselkraftstoff zu tanken bzw. beizumischen oder zumindest mit Diesel zu starten. Die Cetanzahl ist zwar höher, der Heizwert aber etwas geringer. Dies kann bis zu 8% Mehrverbrauch bedeuten.

Eine Zukunft hat Biodiesel auf jeden Fall, wird es doch schon jetzt dem normalen Dieselkraftstoff bis max. 5% beigemischt. Es macht uns unabhängiger vom importierten Erdöl, fördert die heimische Landwirtschaft und wahrscheinlich auch den Klimaschutz. Herstellung und Gebrauch von Biodiesel erhöhen die Akzeptanz synthetischer Kraftstoffe, die vom Wirkungsgrad her wesentlich vielversprechender sind.